پیوند آلوژنیک سلول‌های بنیادی هماتوپویتیک (_[1]HSCT) یک روش درمانی برای بسیاری از بیماران مبتلا به اختلالات خونی (هماتولوژیکی) بدخیم و غیربدخیم می‌باشد.ارزیابی توانایی افراد دهنده سلول ( Donors) برای HSCT شامل تشخیص دقیق، مطابقت آنتی‌ژن‌های لکوسیت‌های انسانی (_[2]HLA)  از اعضای خانواده و یا سایر افراد (غیر از خوی‍شاوندان) مناسب می‌باشد. کمپلکس سازگاری بافت اصلی (MHC) که به عنوان کمپلکس آنتی‌ژن لکوسیت‌های انسانی (HLA) شناخته می‌شوند، از گروه خاصی از مولکول‌هایی که بر سطح سلول بیان شده اند،تشکیل می‌شوند که برای شناسایی مولکول‌های غیرخودی توسط سیستم ایمنی حیاتی است. مکانیزم عملکرد مولکول‌های (HLA) این است که به سطح آنتی‌ژن‌های خاصی از پاتوژن‌ها بر سطح سلول متصل شده و آن‌ها را به لنفوسیت­های T عرضه می­نمایند. از دیدگاه ژنتیکی، HLA  از بیش از 200 ژن که بر روی کروموزوم 6 (بازوی6p21.3) قرار گرفته است، تشکیل شده است و به سه گروه اصلی HLA کلاسI، کلاسII وکلاسIII تقسیم می‌شود. پروتئین‌های نواحی کد کننده HLA کلاسIII در ساختار و عملکرد با دو گروه دیگر (کلاسI و کلاس II) متفاوت است و شامل ترکیبات کمپلمان، چندین سیتوکاین التهابی همچون فاکتور توموری نکروزα  (TNF-α_[3]) و یا پروتئین‌های شوک دمایی ( Heat-Shock) می‌باشد. ژن‌های کلاسI شامل HLA-A,-B,-C در کنار ژن‌های غیرکلاسیکی که شامل HLA-E,-F,-G,-J,-X,MICA,MICB,MICC,MICD,MICE – می‌باشند. آنتی‌ژن‌های HLA کلاسI شامل سه زنجیره α (1α،2α،3α) در کنار یک مولکول غیر MHC، _{2 β} میکروگلوبین که برروی کروموزوم 15 انسانی کد می‌شوند، می‌باشند. ژن‌های HLA کلاسII شامل دو زنجیره‌ی 2_{α و 2β} است که هترودیمری از آن‌ها شکل می‌گیرد. بهترین توصیف این ژن‌ها، HLA-DPB1, -DPQA1, -DQB1 و  DRB1 می‌باشد که پروتئین‌هایی را که پپتیدهای آنتی‌ژنتیک فرآیند را برای شناسایی سلول‌های T کمک‌کننده (Helper – T) نشان‌دار می‌کنند، را رمزگذاری می‌نمایند. الل‌های HLA در توالی آمینواسید‌هایشان با یکدیگر متفاوت‌اند و از ساختارهای اختصاصی در جایگاه‌های اتصال پپتیدی تشکیل شده‌اند و همین امر منجر به تفاوت در پاسخ‌های ایمنی در میان افراد منجر می‌شود. یکی از جالب‌ترین مشخصات سیستم HLA تنوع آن‌ها در تعداد لوکوس‌هایشان و تعداد الل‌های این لوکوس‌ها است. پیوند آلوژنیک سلول‌های بنیادی هماتوپویتیکی (HSCT) یک انتخاب درمانی موفق برای بیماری‌های بدخیم و غیربدخیم خونی (هماتولوژیکی) یا بیماران با مشکلات نقص سیستم ایمنی می‌باشد. در کنار بسیاری از فاکتورهایی که بر (HSCT) موفق اثر می‌گذارد ، پلی مورفیسمی از ژن‌های HLA کلاسیک یکی از اصلی‌ترین موانع است و پزشکان را برای انتخاب فرد دهنده‌ی سلول مناسب به منظورکاهش رد پیوند،_[4] GVHDو مرگ و میر و یاری می‌کند. متاسفانه، به دلیل تنوع زیاد الل‌های HLAو هاپلوتایپ‌ها، احتمال شناسایی فرد دهنده با HLA سازگار، یک چالش سخت برای اکثر بیماران می‌باشد.. Lazaryan و همکاران، اخیرا تاثیر ناسازگاری HLA از HLA هایی که در شکل‌های اصلی گروه‌بندی شدند را با در نظر گرفتن شباهت‌های موجود در ساختار پیش‌بینی شده و عملکرد شیارهای اتصال‌دهنده اپیتوپی مولکول‌های HLA وجود دارد را بررسی کردند. آن‌ها الل‌های ناسازگار راه به شش گروه , ( A24, A02, A03, A01A24, A01A03, A01 ) ، شش گروه HLA-B ( B27, B08, B07, B44, B58, B62 ) ، دو گروه HLA-C ( C1, C2 ) و پنج گروه  HLA-DRB1 ( DR1, DR3, DR4, DR5, DR9 ) گروه‌بندی کردند.آن‌ها نشان دادند که عدم مطابقت در گروه بزرگ B07, B44 با شیوع بالاتری از هر دو درجه GVHD حاد ( IV-II/ IV-III) مرتبط است. مشکل دیگر برای در نظر گرفتن  HSCT موفق، در بیان مولکول‌های HLA است. به خوبی شناخته شده است که سندرم نقص ایمنی یا حساسیت در بیماران  Crohn تحت تاثیر سطح بیان  HLA-Cدر سطح سلول می‌باشد.